Depuis 1987 il est siège d’une exposition géologique et paléontologique permanente qui a pour but d’illustrer les phénomènes géologiques et les fossiles des Monts Euganéens. En outre, trois collections privées enrichissent le patrimoine du musée : la collection « Delmo » (minéraux), la collection « Da Rio » (minéraux, roches, fossiles, coquillages, coraux), et la collection « Girardi » composée d’outils utilisés dans le passé pour l’extraction de la trachyte et pour l’usinage du calcaire.
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