Il Museo Antoniano, riaperto nel 1995,offre un percorso unico tra i tesori artistici realizzati, nei secoli, per la Basilica e per la Veneranda Arca di sant'Antonio: dipinti, sculture, gessi, paramenti sacri, arazzi, oreficerie, fino a oggi poco accessibili al pubblico.
Sono esposti autentici capolavori d’arte: la lunetta affrescata da Mantegna per il portale della Basilica,le tarsie lignee del Quattrocento, la preziosa Navicella di arte orafa tedesca del Cinqucento, le pale d’altare di Tiepolo e di Piazzetta, un raro paramento liturgico tessuto a Lione nel Settecento.