Il Museo Diocesano, allestito negli splendidi saloni di Palazzo Vescovile, raccoglie preziose opere di pittura, scultura e oreficeria, codici e incunaboli, paramenti sacri provenienti dal territorio della Diocesi di Padova. Esposte in questi spazi secondo criteri cronologici e per sezioni, le opere testimoniano la ricchezza culturale, la sensibilità artistica e la profonda fede della Chiesa padovana dai secoli immediatamente anteriori al Mille fino ai giorni nostri. Il percorso inizia con la sala dei manoscritti, tra i quali i trecenteschi Antifonari della Cattedrale, importanti per la loro vicinanza artistica alla pittura di Giotto nella Cappella degli Scrovegni. Il Trecento è rappresentato da un nutrito numero di opere d'arte, tra le quali spicca il Reliquiario della Croce in argento dorato, di manifattura danese. Tra i dipinti spiccano una bella Madonna col Bambino di Giusto de' Menabuoi ed un affresco staccato da un muro esterno del Battistero raffigurante un Ritratto di fanciullo, probabilmente della famiglia dei Da Carrara. Molto interessante è la serie di sette tavole dipinte raffiguranti Episodi della Vita di S. Sebastiano di Nicoletto Semitecolo.