Il nucleo dell’attuale museo si deve a Vincenzo Fracanzani, podestà di Este, che nel 1834 decise l’istituzione di una raccolta inizialmente denominata Museo Civico Lapidario. Questa sistemazione, con l’aumentare dei rinvenimenti, si rivelò inadeguata e lo Stato istituì il Museo Nazionale Atestino con decreto del 1 aprile 1887, trasferendo la sua sede a Palazzo Mocenigo. Al suo interno sono visibili oggi i reperti più rappresentativi della cultura dei Veneti antichi, vissuti in questa regione durante tutto il I millennio a. C. Di particolare interesse è l’abbondante materiale rinvenuto presso l’insediamento perilacustre del Laghetto della Costa presso Arquà Petrarca. Il manufatto più pregevole qui conservato è la situla Benvenuti, databile al 600 a.C. circa; si tratta di un vaso di bronzo sbalzato e cesellato con raffigurazioni di animali reali e fantastici e scene di vita quotidiana. E', inoltre, documentata la romanizzazione del territorio attraverso la raccolta di documenti archeologici, epigrafici e linguistici. Oltre alla famosa Madonna con Bambino di Cima da Conegliano, dipinta nel 1504 per la chiesa di Santa Maria delle Consolazioni, é esposta un’ampia selezione di ceramiche prodotte nel territorio estense tra il XIII e il XIX secolo