Le musée est installé dans le bâtiment du XVe siècle qui abritait le premier hôpital de la ville. C’est dans ces locaux que, pour la première fois au monde, les étudiants en médecine ont commencé à apprendre et à appliquer la pratique clinique directement au chevet des malades, jetant ainsi les bases de l’approche moderne de l’enseignement de la médecine. L’hôpital Saint-François a été actif pendant près de quatre siècles, jusqu’au 29 mars 1798, date à laquelle il a été remplacé par le nouvel hôpital (« ospedale Giustinianeo »), commandé par l’évêque de l’époque, Nicolò Giustiniani.
Quatre salles sont consacrées à l’apparition et au développement des sciences médicales, en commençant par l’anatomie et la physiologie, pour découvrir comment le corps humain est fait et comment il fonctionne, et en terminant par les origines des pathologies et leurs remèdes, ainsi que la thérapie.
Outre les pièces anciennes fournies par l’Université de Padoue, les Musei Civici, l’hôpital et l’ULSS16, il existe des expositions interactives, des vidéos et des jeux multimédias, conçus pour détailler les thèmes abordés dans les salles. De magnifiques livres anciens, normalement inaccessibles au public, peuvent ici être « feuilletés » virtuellement. Des jeux de différents niveaux de difficulté enseignent l’anatomie du corps humain, le vocabulaire médical et l’association entre maladies et agents pathogènes. Des panneaux interactifs incitent le visiteur à raisonner sur les sujets abordés, tant en termes de connaissances historiques et scientifiques que par rapport à sa propre santé.
Le musée se termine par un grand théâtre anatomique moderne et deux salles consacrées à des expositions thématiques temporaires.