La tour, qui caractérise encore aujourd’hui l’édifice, rappelle l’époque municipale, lorsque Padoue était une ville d’eau dotée d’un port fluvial de commerce, de moulins et d’une activité commerciale intense. Certaines fouilles ont révélé des traces d’établissements résidentiels dans la région remontant au début du 8ème siècle avant JC. et des activités de production principalement liées à la transformation de la céramique. Entre la fin du XIIe siècle et le début du XIIIe, la structure actuelle du palais se confirme sous la forme de la maison-tour, un bâtiment propice à la défense et parfait pour représenter la richesse de la famille propriétaire. Les membres de la famille Zabarella appartenaient au cercle de relations puissant et étroit construit par la seigneurie Da Carrara, qui gouvernait Padoue au XIVe siècle, et résidaient dans diverses propriétés immobilières achetées par eux. Les Zabarella en restèrent propriétaires pendant plus de quatre siècles, laissant le palais sensiblement inchangé dans sa disposition spatiale mais radicalement transformé dans sa façade. La disposition néoclassique de la façade a été réalisée au début du XIXe siècle par le célèbre architecte Daniele Danieletti. Au XIXe siècle, Giacomo Zabarella, le dernier descendant de la famille, fit décorer les intérieurs par Giuseppe Borsato, Giovanni Carlo Bevilacqua et Francesco Hayez.
Le Palais, siège de la Fondation Bano, est un centre culturel privé dédié à l’étude et à la promotion de la culture et de l’art.
