Der älteste Museumskomplex der Region Venetien beherbergt archäologische, mittelalterliche und moderne Kunstsammlungen und umfasst auch die Scrovegni-Kapelle. Der gesamte Komplex befindet sich am Kreuzgang des ehemaligen Klosters der Eremitenbrüder.
Das Archäologische Museum befindet sich im Erdgeschoss des Klosterkomplexes aus dem 15. Jahrhundert, der den Eremiten gehörte. Die Innengestaltung ist größtenteils das Ergebnis eines Projekts von Franco Albini, einem bekannten rationalistischen Architekten, der auch für die Restaurierung des kleinen Kreuzgangs verantwortlich war, der durch Bombenangriffe im Zweiten Weltkrieg beschädigt wurde.
Das Museum sammelt und stellt wichtige Artefakte aus der paläovenezianischen, vorrömischen und römischen Zeit aus und beherbergt eine ägyptische Abteilung, die dank der Entdeckungen des paduanischen Forschers Giovan Battista Belzoni (1778-1823) erweitert wurde. Grundlegend für die Kenntnis der lokalen Geschichte ist die eingehende Untersuchung der Via Annia und des römischen Padua anhand der Funde von Grabbeigaben, Porträts, Statuen und Alltagsgegenständen.
Die umfangreiche Gemäldegalerie enthält Werke aus dem 13. Jahrhundert bis hin zu den großen Meistern der italienischen Malerei des 18. Jahrhunderts. Zu sehen ist das Kruzifix von Giotto, ein Werk aus den frühen 1300er Jahren, das ursprünglich auf dem Altar der Scrovegni-Kapelle stand. Darauf folgt chronologisch eine bedeutende Gruppe von Tafelbildern Guarientos, darunter die „Engel” aus der Kapelle der Reggia Carrarese. Zu den zahlreichen Meisterwerken aus dem 16. Jahrhundert gehören Boccaccio Boccacinis „Madonna mit Kind” und mehrere Gemälde von Veronese; ebenfalls von großem Interesse sind Jacopo Tintorettos „Abendmahl im Haus von Simon” und „Die Kreuzigung”. Für das 18. Jahrhundert sind besonders Giambattista Tiepolos „Heiliger Josef mit Kind”, die „Madonna” und der „Christus im Ölgarten” zu erwähnen.
Im Untergeschoss des Museums wird der Besucher an sieben Multimedia-Stationen mit den Fresken der Kapelle und dem kunsthistorischen Kontext, in dem Giotto arbeitete, vertraut gemacht.