Zwischen Pflanzenkunde und Medizin können die Besucher des Museums die Geschichte des Gartens, seiner Pflanzen und derjenigen, die sie gesammelt haben, in einer Reise durch die Jahrhunderte entdecken, die mit der Gründung des Gartens beginnt, als hier Heilpflanzen angebaut und untersucht wurden, und bis ins 20. Jahrhundert reicht.
Dabei handelt es sich um botanische Sammlungen, die überwiegend bis ins 19. und frühe 20. Jahrhundert zurückreichen, unter denen das historische Herbarium hervorsticht – ein außergewöhnliches Archiv der pflanzlichen Biodiversität mit etwa 800.000 Exemplaren von Pflanzen, Algen, Pilzen und getrockneten Flechten – sowie 16.000 Reagenzgläsern mit Samen von Nahrungs-, Heil- und Zierpflanzen, Lehrtafeln aus dem 19. Jahrhundert, Modelle von Pilzen und Holzstücke.
Auf dem Rundgang, der über 500 Quadratmeter führt und von der wissenschaftlichen Leiterin Elena Canadelli kuratiert wird, stößt man auch auf ein Keuschheitsbeeren-Exemplar aus dem späten 16. Jahrhundert und auf die Erstausgaben von Werken, in denen die Geschichte der Botanik und der Medizin beschrieben wurde (von Vesalio bis Mattioli, von Berengario da Carpi bis Alpini). Nach fast 500 Jahren seit ihrer Gründung kommt auch die Apothekerwerkstatt, die nach dem Willen des Arztes Francesco Bonafede seit 1545 in Betrieb sein sollte, in den Botanischen Garten: Es handelt sich um die der Universität vom Apotheker Giuseppe Maggioni geschenkte Apotheke aus dem späten 18. Jahrhundert mit ihren Instrumenten, Präparaten und Medikamenten, die mindestens drei Jahrhunderte pharmazeutischer und medizinischer Geschichte umfassen. Ein Ambiente, in das man eintauchen kann, während man das tägliche Leben des Apothekers auf Video verfolgt.
Beim Rundgang erfährt man mehr über das dichte Netz des Pflanzen- und Saatgutaustauschs des Gartens, der ein wichtiges Zentrum für die Einführung und den Anbau von Heil-, Nahrungs- und Zierpflanzen aus verschiedenen Teilen der Welt war. Dabei kann man die Kräutersammlung bewundern, aber auch interaktive Erlebnisse wie Botanik ohne Grenzen, bei der man Menschen und Orten begegnet, und die Illustrierte Geschichte, die die Geschichte der Medizin und der Botanik in 12 Etappen nachzeichnet, die auch durch Padua führen, oder das Spiel, bei dem man erraten muss, welche Pflanzen zum ersten Mal in Italien eingeführt wurden und nach welchen Protagonisten aus Padua die Namen ganzer Pflanzengattungen noch heute benannt sind.
Dank des Museums können die Besucher die wichtigsten Elemente des Gartens kennenlernen, ihren Blick auf die Geschichte der Botanik und Medizin erweitern, ihre Protagonisten kennenlernen und noch mehr über den Dialog zwischen den Renaissance-Geometrien des Alten Gartens, den Gewächshäusern des 2014 eingeweihten Gartens der Biodiversität und dem reichen Archiv- und Buchbestand erfahren, der im ersten Stock des Gebäudes in der neuen „ Historischen Bibliothek für Medizin und Botanik von Vincenzo Pinali und Giovanni Marsili” aufbewahrt wird.