Das Gebäude war ursprünglich mit dem Palast der Familie Scrovegni verbunden, der um 1300 nach dem elliptischen Grundriss der römischen Arena errichtet wurde. Die Überlieferung besagt, dass Heinrich die Kapelle für die Seele seines Vaters Reginaldo errichtete, eines berüchtigten Geldverleihers, den Dante in Gesang XVII des Inferno erwähnt.
Der Bilderzyklus wurde von Giotto zwischen 1303 und 1305 geschaffen und bedeckt die gesamte Fläche mit Fresken von höchster Qualität. An den Wänden sind die Geschichten von Joachim und Anna, Maria und Christus dargestellt, beginnend mit der „Vertreibung Joachims aus dem Tempel” und endend mit „Pfingsten”, der Herabkunft des Heiligen Geistes auf die Apostel.
In der grandiosen Darstellung des Jüngsten Gerichts an der gegenüberliegenden Seite nimmt Christus die Seligen zu seiner Rechten auf und verurteilt die Verdammten zu seiner Linken. Auf dem monochromen Sockel führen die Laster und Tugenden den Menschen in die Hölle bzw. ins Paradies, während die gewölbte Decke die Kapelle wie ein blauer Sternenmantel abschließt.
Das Kruzifix, das einst den Freskenzyklus vervollständigte, kann heute in der Gemäldegalerie der Städtischen Museen bewundert werden.
Seit 1880, als die Kapelle von der Stadt Padua erworben wurde, werden die Fresken ständig überwacht: Es werden sorgfältige Studien und Kontrollen über den Zustand des Gebäudes und der Gemälde, die Luftqualität und die Schadstoffe durchgeführt. Der Bau des neuen Zugangsgebäudes und die Installation einer Luftaufbereitungsanlage ermöglichen es, den starken Besucherandrang zu bewältigen, ohne die Erhaltung der Fresken zu gefährden.
Die Sehenswürdigkeit ist Teil der „I Cicli Affrescati del XIV secolo” (Freskenzyklen des 14. Jahrhunderts), die zum UNESCO-Weltkulturerbe gehören.