El edificio estaba unido originalmente al palacio familiar de los Scrovegni, erigido en el 1300 siguiendo la planta elíptica del Coliseo romano. Según la tradición, Enrico edificó la capilla en sufragio del alma de su padre Reginaldo, célebre usurero mencionado por Dante en el canto XVII del Infierno.
El ciclo pictórico fue realizado por Giotto entre 1303 y 1305 y cubre toda la superficie con frescos de altísima calidad. En las paredes se presentan las historias de Joaquín y Ana, María y Cristo, comenzando por la «Expulsión de Joaquín del templo» y terminando con el «Pentecostés», el descenso del Espíritu Santo sobre los apóstoles.
En el grandioso Juicio Final, ubicado en la contrafachada, Cristo acoge a los bienaventurados a su derecha y condena a los malvados a su izquierda.
Sobre el zócalo monocromático, los Vicios y las Virtudes conducen a los hombres respectivamente al infierno o al paraíso, mientras que el techo abovedado cubre la capilla como un manto azul de estrellas. El crucifijo que en su tiempo completaba la serie de frescos se puede admirar actualmente en la pinacoteca de los Museos Cívicos («Musei Civici»).
Desde 1880, cuando la capilla fue adquirida por el ayuntamiento de Padua, los frescos se encuentran bajo supervisión continua: se llevan a cabo estudios precisos y controles del estado de salud del edificio y de las pinturas, la calidad del aire y los factores contaminantes. La construcción del nuevo cuerpo de acceso y la instalación de un sistema de tratamiento del aire permiten gestionar la gran afluencia de visitantes sin perjudicar la conservación de los frescos.
El emplazamiento forma parte de las «Series de frescos del siglo XIV» incluidas en la lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO.