L’edificio era originariamente collegato al palazzo di famiglia degli Scrovegni, eretto nel 1300 seguendo il tracciato ellittico dell’Arena romana. Secondo la tradizione, Enrico edificò la Cappella in suffragio dell’anima di suo padre Reginaldo, noto usuraio ricordato da Dante nel canto XVII dell’Inferno.
Il ciclo pittorico venne realizzato da Giotto tra il 1303 e il 1305 e ricopre l’intera superficie con affreschi di altissima qualità. Le pareti raffigurano le storie di Gioacchino e Anna, Maria e Cristo, iniziando con la “Cacciata di Gioacchino dal Tempio” per concludersi con la “Pentecoste”, la discesa dello Spirito Santo sugli apostoli.
Nel grandioso Giudizio Universale posto in controfacciata, Cristo accoglie i beati alla sua destra e condanna i malvagi alla sua sinistra.
Sullo zoccolo a monocromo i Vizi e le Virtù conducono l’uomo rispettivamente all’Inferno o in Paradiso mentre il soffitto voltato chiude la Cappella come un manto azzurro di stelle. Il crocifisso che un tempo completava il ciclo affrescato, ora si può ammirare all’interno della pinacoteca dei Musei Civici.
Dal 1880, quando la Cappella venne acquistata dal Comune di Padova, gli affreschi sono sempre monitorati: vengono compiuti accurati studi e controlli sullo stato di salute dell’edificio e delle pitture, sulla qualità dell’aria e sui fattori inquinanti. La costruzione del nuovo corpo di accesso e l’installazione di un impianto di trattamento dell’aria, permette di gestire il forte flusso dei visitatori senza pregiudicare la conservazione degli affreschi.
Il sito fa parte de “I Cicli Affrescati del XIV secolo” inseriti nella lista del patrimonio mondiale UNESCO.