Favorisée par les Carmes, une confrérie de laïcs dévoués à la Madonna del Monte Carmelo a vu le jour à Padoue. Son siège se trouvait à l’étage supérieur, mais après l’effondrement de 1491, les frères ont échangé de locaux et la confrérie a pris possession d’une pièce à laquelle on accédait directement depuis le parvis, par une porte encore visible dans la maçonnerie de la façade.
Le plan de la Scoletta (petite école) est rectangulaire, le presbytère est surélevé et en trois parties, séparées par des colonnes et des arcs. Au centre se trouve l’autel réalisé par le tailleur de pierre Andrea Torreselle.
Au cours de la première moitié du XVIe siècle, les murs ont été peints avec des épisodes de la vie de Marie par les peintres padouans Giulio et Domenico Campagnola ainsi que Girolamo Tessari. Leurs caractéristiques stylistiques sont différentes mais respectent une unité, probablement selon la volonté de Giulio Campagnola.
Quelques décennies plus tard, les confrères ont décidé de créer un atrium devant la salle et ont divisé l’espace intérieur par une nouvelle paroi. Stefano dall’Arzere a été chargé de peindre des fresques pour décorer cette nouvelle surface vers le milieu du XVIe siècle.
L’atrium a servi de sacristie lorsque l’accès à la Scoletta a été déplacé sur le côté sud par deux portes ouvertes en 1688.
Lors du bombardement de la ville de Padoue le 24 mars 1944, le toit et le plafond de la Scoletta se sont effondrés. L’église et les deux cloîtres ont également subi des dommages importants. Une restauration a débuté en 1982, qui a également permis une lecture historique des différentes interventions menées au cours des siècles.