Selon les chroniques, les premiers murs de Padoue ont été érigés en 1195 et le premier mur d’enceinte, celui qui entourait l’ancien centre romain de la ville, a été achevé en 1210. Au fur et à mesure de l’expansion de la ville se sont ajoutés deux autres murs à l’époque où Padoue s’est constitué Commune, ainsi qu’à l’époque d’Ezzelino et de la Maison de Carrare. C’est sur cette dernière enceinte que Venise a érigé les remparts actuels de la ville, au XVIe siècle.
La porte et le pont Molino sont l’un des vestiges les mieux conservés de la première muraille, qui comptait jusqu’à 19 portes et passages. Son nom vient des nombreux moulins à eau, qui étaient au nombre de 34 au XIVe siècle, et qui flottaient autrefois sur le fleuve. Ils n’étaient plus que 24 vers le XVIIIe siècle, et ont été définitivement supprimés en 1883-1884.
Avec ses cinq arches, le pont est d’origine romaine et date de 40-30 avant J.-C., bien qu’il ait été reconstruit plusieurs fois sur place et en partie avec les matériaux d’origine.
La porte de Ponte Molino présente un arc ogival surplombé d’une imposante tour. On dit que c’est perché sur cette tour que Galilée a vu les quatre satellites de Jupiter, comme le rappelle la pierre tombale dictée par l’épigraphiste padouan Carlo Leoni (1812-1874) : « da questa torre Galileo molta via de’ cieli svelò » (« c’est de cette tour que Galilée a découvert une grande partie des cieux »).
La Riviera dei Mugnai part de Porta Molino, où il est possible de voir des tronçons des remparts médiévaux, partiellement inclus dans des constructions modernes.
Au Moyen Âge, le quartier de la Via Dante, l’ancienne voie romaine reliée à la Porta Molino, abritait les artisans du cuir et de la chaussure. Les plus pauvres, qui n’avaient pas les moyens de s’offrir un atelier dans la ville, déplaçaient leur activité sur la Riviera del Brenta, aujourd’hui connue pour son activité florissante dans le secteur de la chaussure.
