Nach dem Tod des Heiligen wurde der Leichnam in die Basilika Sant’Antonio überführt, aber die Grabstätte in Arcella blieb, obwohl sie des Leichnams des Heiligen beraubt wurde, einer der am meisten verehrten Orte der Stadt, sowohl wegen des Todes des Heiligen als auch wegen der Verehrung und des Volkskults um Elena Enselmini, die zu den kleinen Schutzheiligen der Stadt Padua zählt und im Kloster „Cella” lebte und starb, wo ihr Leichnam noch heute aufbewahrt wird.
Das heutige Heiligtum, eines der interessantesten neugotischen Bauwerke mit eindeutig franziskanischer Inspiration, ist das Werk der Architekten Eugenio Maestri und Nino Gallimberti, die zwischen 1886 und 1931 bei der Planung und Ausführung aufeinander folgten. Es ist streng und feierlich, gleichzeitig aber auch warm und hell dank der Wände und Strukturen aus Terrakotta. Der Glockenturm, der die Kirche flankiert, wurde zwischen 1898 und 1899 von dem Architekten Agostino Mozzo aus Padua entworfen. Bei der Einweihung im Jahr 1922 wurde eine große Statue des Heiligen Antonius des Veroneser Bildhauers Silvio Righetti auf der Spitze des Turms platziert.
Im Inneren der Wallfahrtskirche wird der Raum durch die Verflechtung der Kreuzgewölbe von Kirchenschiff und Querschiffen nach oben hin durch das helle Volumen der 40 Meter hohen Kuppel unterbrochen, die dann in der großen Apsis mit dem Klosterchor endet. Die Zelle, in der der Heilige Antonius starb, das eigentliche Herzstück des Tempels, wird nur von einer Statue des sterbenden Heiligen geschmückt, die 1808 von Rinaldi geschaffen wurde.
