La section originale consacrée à l’histoire du monnayage fait du musée Bottacin l’un des instituts numismatiques les plus prestigieux d’Europe par la nature organique et l’ampleur de sa collection. Au fil des années, il s’est caractérisé comme un centre d’études de renommée mondiale et possède l’une des bibliothèques spécialisées les plus importantes d’Europe.
La collection numismatique compte plus de vingt mille pièces, depuis les spécimens de l’époque préromaine jusqu’aux émissions républicaines et impériales. Les pièces exposées témoignent de l’activité de la Monnaie des Carraresi, de la scelléographie et de la médaillistique padouane, ainsi que de l’œuvre de Giovanni da Cavino, célèbre médailleur actif à Padoue au XVIe siècle. Le ducat d’or de Francesco I da Carrara, le seul à être en possession d’un institut public, est remarquable. Viennent ensuite les monnaies grecques et les émissions romaines, qui sont liées aux monnaies byzantines, ostrogothiques, lombardes et arabes. Parmi les pièces les plus intéressantes, citons les monnaies vénitiennes, qui témoignent de la production monétaire de la Vénétie préromaine, les rarissimes médaillons romains des empereurs Hadrien, Septime Sévère et Maxence, la trémisse longobarde d’Astolfo et les monnaies de la série vénitienne, l’une des plus riches et des plus complètes au monde.
Avec la réforme de Charlemagne, l’histoire du monnayage italien médiéval jusqu’à la Renaissance est examinée. À partir d’une large sélection de spécimens hérités du thaler d’argent et du scudo d’or, en passant par le papier-monnaie du XVIIIe siècle, nous arrivons à l’introduction du système métrique avec Napoléon, de la lire italienne et de la monnaie actuelle, l’euro.