Die ursprüngliche Abteilung, die der Geschichte der Münzen gewidmet ist, macht das Bottacin-Museum aufgrund der organischen Beschaffenheit und Konsistenz der Sammlung zu einem der renommiertesten numismatischen Institute in Europa.
Im Laufe der Jahre hat es sich zu einem weltweit bekannten Studienzentrum entwickelt und verfügt über eine der bedeutendsten Spezialbibliotheken Europas. Die numismatische Sammlung umfasst über zwanzigtausend Stücke, angefangen von Exemplaren aus der vorrömischen Zeit bis hin zu republikanischen und kaiserlichen Ausgaben. Die ausgestellten Stücke dokumentieren die Münzstätte Carraresi, die Paduaner Siegelmalerei und Medaillenkunst sowie das Werk von Giovanni da Cavino, einem berühmten Medailleur, der im 16. Jahrhundert in Padua tätig war.
Hervorzuheben ist der goldene Dukat von Francesco I. von Carrara, der als einziger im Besitz eines öffentlichen Instituts ist. Es folgen griechische Münzen und römische Prägungen, die mit byzantinischen, ostgotischen, lombardischen und arabischen Münzen verknüpft sind. Zu den interessantesten Stücken zählen die venezianischen Münzen, die die Geldproduktion im vorrömischen Venetien zeigen, die sehr seltenen römischen Medaillons der Kaiser Hadrian, Septimus Severus und Maxentius, die lombardische Tremisse von Astolfo und die Münzen der venezianischen Serie, eines davon das reichste und vollständigste der Welt. Mit der Reform Karls des Großen wird die Geschichte der mittelalterlichen italienischen Münzprägung bis zur Renaissance untersucht. Von einer breiten Palette von Erben des Silbertalers und des Goldschildes bis hin zum Papiergeld des 18. Jahrhunderts gelangen wir zur Einführung des metrischen Systems mit Napoleon, zur italienischen Lira und der aktuellen Währung, dem Euro.
