La segunda planta del Palacio Zuckermann alberga el Museo Bottacin, que expone todo el patrimonio artístico y la valiosa colección numismática del rico comerciante triestino Nicola Bottacin. Las salas recuerdan las estancias de su villa en Trieste y exponen pinturas, muebles, armas antiguas y esculturas donadas a la ciudad de Padua en 1865.
La original sección dedicada a la historia de la moneda convierte al Museo Bottacin en uno de los institutos numismáticos más prestigiosos de Europa por la naturaleza orgánica y el tamaño de su colección. A lo largo de los años, se ha caracterizado por ser un centro de estudios de renombre mundial y cuenta con una de las bibliotecas especializadas más importantes de Europa. La colección numismática cuenta con más de veinte mil piezas, desde ejemplares de la época prerromana hasta emisiones republicanas e imperiales. Las piezas expuestas documentan la ceca de Carraresi, la sellografía y la medallística paduana, así como la obra de Giovanni da Cavino, célebre medallista activo en Padua en el siglo XVI. Destaca el ducado de oro de Francesco I da Carrara, el único en posesión de un instituto público. Le siguen las acuñaciones griegas y las emisiones romanas, a las que se unen las bizantinas, ostrogodas, longobardas y árabes.
Entre las piezas más interesantes se encuentran las monedas venecianas, que muestran la producción monetaria en la Venecia prerromana, los rarísimos medallones romanos de los emperadores Adriano, Septimio Severo y Majencio, el tremisse longobardo de Astolfo y las monedas de la serie veneciana, una de las más ricas y completas del mundo. Con la reforma de Carlomagno, se examina la historia de la acuñación italiana medieval hasta el Renacimiento. Desde los herederos del thaler de plata y el scudo de oro, pasando por el papel moneda del siglo XVIII, hasta la introducción del sistema métrico decimal con Napoleón, la lira italiana y la moneda actual, el euro.