Datant du XIe siècle et rénové entre le XVIe et le XVIIe siècle, le complexe a été supprimé en 1810 et transformé en gymnase royal imperial (Imperial Regio Ginnasio). Depuis 1868, le bâtiment abrite la Préfecture et la résidence du Préfet. C’est un lieu d’une grande beauté architecturale, avec notamment la salle du Conseil, l’escalier d’entrée et les abris anti-gaz et antiaériens datant de la guerre.
La salle du Conseil, dont la décoration a été réalisée en 1877 par Carlo Matscheg, artiste de Belluno, et le peintre vénitien Giulio Carlini, constitue le moment le plus significatif de la rénovation du bâtiment au XIXe siècle. Dans le tambour se trouve une riche séquence d’armoiries municipales et rondes représentant des personnalités historiques de Padoue. Elles alternent avec des représentations de l’agriculture, de l’industrie, de l’éducation et du commerce, ainsi que des fleuves Brenta et Bacchiglione.
Au début du XXe siècle, le Palazzo Santo Stefano a changé de type et de perspectives, adoptant sa configuration actuelle. L’architecte Angelo Pisani a réalisé le « Scalone d’onore » (escalier d’honneur) en 1925, une œuvre précieuse qui caractérise le lieu. En 1934, un abri antigaz pour 70 personnes est réalisé avec un système d’électroventilation à pédales. Dix ans plus tard, les entreprises padouanes Zoccarato et Grassetto réalisent un abri tubulaire antiaérien et un abri antiaérien U.N.P.A. dans le jardin de la Préfecture. Dans le cloître de l’ancien monastère, quatre autres abris antiaériens ont été installés pour assurer la sécurité des étudiants du lycée Tite Live.
