Risalente al secolo XI e ristrutturato tra Cinque e Seicento, il complesso venne sopresso nel 1810 e adibito a sede dell’Imperial Regio Ginnasio. Dal 1868 l’edificio ospita la Prefettura e la residenza del Prefetto: è un luogo ricco di bellezze architettoniche tra cui la sala del Consiglio, lo scalone d’accesso e i rifugi antigas e antiaereo realizzati in periodo bellico.
La Sala del Consiglio – la cui decorazione fu realizzata nel 1877 da Carlo Matscheg, ornatista bellunese, e dal pittore veneziano Giulio Carlini – costituisce il momento più significativo del rinnovamento ottocentesco dell’edificio. Nel tamburo si snoda una ricca sequenza di stemmi comunali e tondi entro cui sono ritratti personaggi storici di Padova. A questi si alternano le rappresentazioni di Agricoltura, Industria, Istruzione e Commercio e dei fiumi Brenta e Bacchiglione.
Nei primi anni del Novecento Palazzo Santo Stefano modifica tipologia e prospetti, assumendo la configurazione attuale. L’arch. Angelo Pisani realizza lo Scalone d’onore nel 1925, pregevole opera che caratterizza il luogo. Nel 1934 viene realizzato il rifugio antigas per 70 persone con un impianto di elettroventilazione a pedali. Dieci anni più tardi le Ditta padovane Zoccarato e Grassetto realizzano un rifugio tubolare antiaereo e un rifugio antiaereo U.N.P.A. nel giardino della Prefettura.
Nel chiostro dell’antico monastero sono stati individuati altri quattro rifugi antiaereo, previsti per l’incolumità degli studenti del Liceo Tito Livio.
