Der aus dem 11. Jahrhundert stammende und zwischen dem 16. und 17. Jahrhundert umgebaute Komplex wurde 1810 aufgelöst und diente als Sitz des Imperial Regio Ginnasio.
Seit 1868 beherbergt das Gebäude die Präfektur und die Residenz des Präfekten und ist ein Ort von architektonischer Bedeutung, insbesondere der Ratssaal, die Eingangstreppe und die Gas- und Luftschutzbunker aus der Kriegszeit. Der Ratssaal, dessen Dekoration 1877 von Carlo Matscheg, einem Ornamentalisten aus Belluno, und dem venezianischen Maler Giulio Carlini stammt, stellt das bedeutendste Element der Renovierung des Gebäudes im 19. Jahrhundert dar. In der Trommel befindet sich eine umfangreiche Reihe von Gemeindewappen und Reliefs, auf denen historische Persönlichkeiten aus Padua abgebildet sind. Diese wechseln sich ab mit Darstellungen der Landwirtschaft, der Industrie, der Bildung und des Handels sowie der Flüsse Brenta und Bacchiglione.
Zu Beginn des 20. Jahrhunderts änderte der Palazzo Santo Stefano seine Struktur und sein Aussehen und erhielt so seine heutige Form. Der Architekt Angelo Pisani realisierte 1925 die Scalone d’onore (Ehrentreppe), ein wertvolles Werk, das die Sehenswürdigkeit prägt. Im Jahr 1934 wurde der Gasschutzraum für 70 Personen mit einem pedalbetriebenen elektrischen Belüftungssystem gebaut.
Zehn Jahre später errichteten die Unternehmen Zoccarato und Grassetto aus Padua im Garten der Präfektur einen röhrenförmigen Flakbunker und einen U.N.P.A.-Flakbunker. Im Kreuzgang des ehemaligen Klosters befanden sich vier weitere Luftschutzbunker, die für die Sicherheit der Studenten des Liceo Tito Livio vorgesehen waren.
