El Museo Antoniano, nacido a finales del siglo XIX como colección de objetos histórico-artísticos ligados a la vida o al culto de San Antonio, fue reestructurado y se reabrió con la configuración actual en 1995, con ocasión del octavo centenario del nacimiento del Santo.
Actualmente, el museo reúne en su interior tesoros artísticos confeccionados durante siglos para la Basílica y la “Veneranda Arca di Sant’Antonio” (Venerable Arca de San Antonio): cuadros, esculturas, escayolas, vestiduras sagradas, tapices y orfebrería. Se exponen auténticas obras maestras, como la luneta con frescos de Mantegna para el portal de la Basílica, las taraceas de madera del siglo XV, la preciosa naveta de orfebrería alemana del siglo XVI, los retablos de Tiepolo, Carpaccio y Piazzetta, o una insólita vestidura litúrgica tejida en Lyon en el siglo XVIII.
En 2015 el museo se enriqueció con la exposición permanente de “Donatello al Santo”, un rico conjunto de fotografías, moldes de escayola y paneles informativos que permiten al visitante observar de cerca las obras maestras que el célebre artista florentino realizó para el Santo. Se expone también un busto de Gattamelata en escayola que puede tocarse gracias a un tratamiento de protección especial. De este modo, se intenta brindar a las personas invidentes el placer de “disfrutar” con el tacto las obras maestras de Donatello.
El Museo de la Devoción popular reúne los exvotos donados a la Basílica por los fieles como agradecimiento de las mercedes recibidas de san Antonio.
Aquí se exponen también las copias de algunos relicarios célebres, como el donado al papa León XIII y conservado en los Museos Vaticanos, o el donado a Lisboa en 1968, testimonios de una historia centenaria. Entre las curiosidades se encuentra asimismo el “Si quaeris miracula” en lengua china, pintado sobre seda.